Port północno-wschodniej Krety, gdzie tradycja przeplata się z nowoczesnością. To także kosmopolityczna stolica regionu Lasithi, łącząca nowoczesną zabudowę, z historią czasów doryckich.
Historia miasta zaczyna się od III wieku p.n.e , kiedy utworzono, należący do leżącego a południu doryckiego miasta Lato. Do 6 wieku n.e. był to ważny punkt handlowy i centrum odbioru najemników.
W 1206 roku genueński pirat Henrico Pescatore w najwyższym punkcie dzisiejszego Agios Nikolaos, na wzgórzu Kefali zbudował twierdzę nazwaną Mirabello. Niestety nie zdążył się jednak nacieszyć zamkiem, ponieważ cała wyspa została kupiona przez Wenecjan. Twierdza nie przetrwała, a w jej miejscu dziś znajduje się siedziba władz regionu Lasithi. Ze źródeł wiadomo, że wewnątrz niej znajdował się magazyn soli, która pozyskiwana była z terenów Eloundy. Wenecjanom zależało na utrzymaniu całkowitego monopolu na dostawy soli w krajach basenu Morza Śródziemnego stąd chronienie surowca w twierdzy. Twierdza Mirabello była wielokrotnie niszczona (1303 w trzęsieniu ziemi, 1537 przez piratów) zawsze jednak odbudowywana. Dopiero gdy z końcem XVII wieku Osmanowie oblegali miasto forteca została wysadzona w powietrze przez poddających się Wenecjan i już nigdy jej nie odbudowano.
W czasach Wenecjan miasto nie miało dużego znaczenia. Podczas panowania osmańskiego miasteczko powoli pustoszało. Pod koniec panowania tureckiego, po rewolucji z 1866 roku, miasto znów powoli się zaludniło i rozwinęło jako port handlujący cytrusami.
Historia współczesna Agios Nikolaos to dynamiczny rozwój turystyki, który nastąpił tu znacznie wcześniej niż w innych regionach Krety. Sercem miasta jest teren wokół przystani nad jeziorem Voulismeni. W XIX wieku było to słodkowodne jezioro (drugi zbiornik słodkiej wody na Krecie, po jeziorze Kourna). W 1870 roku akwen został połączony z morzem za pomocą kanału żeglugowego. Jezioro ma swoje mitologiczne historie. Podobno kąpiele w jeziorze Voulismeni upodobały sobie boginie Atena i Artemida, mieszkańcy zaś wierzyli, że jest ono bez dna i zamieszkane przez potwory. Współcześnie do brzegów jeziora przypływają łodzie i kutry rybacki. Wokół jeziora kwitnie życie (tawerny, bary, kawiarnie).
W mieście znajduje się prywatne Muzeum Etnograficzne oraz Muzeum Archeologiczne. W pobliżu centrum miasta znajduje się kościół pod wezwaniem Matki Bożej Vrefotrofos z XII wieku, gdzie można obejrzeć freski z XIV wieku. Wycieczkę śladami historii można zakończyć w kościele św Mikołaja, patrona miasta. Ta wzniesiona w VII - IX wieku świątynia, zachowała swój oryginalny kształt. To prosty, jednonawowy kościół który wewnątrz zdobią pozostałości fresków z okresu IX – XI wieku.
Uroki Agios Nikolaos to także wąskie uliczki i wiele schodów, które są niezbędne, aby spacerować po miasteczku na wzgórzach oraz niewielkie plaże (Ammos, Kitroplatia. Ammoudi). Z uwagi na swą turystyczną popularność Agios Nikolaos nosi miano Kreteńskiego Saint-Tropez.
